Thời gian vừa qua, tại khu vực cửa khẩu Khánh Bình, tỉnh An Giang có tình trạng các Doanh nghiệp đưa phương tiện vận tải của Campuchia vào các địa điểm tự phát không đủ điều kiện tập kết, kiểm tra giám sát theo quy định của Luật Hải quan để thực hiện bốc dỡ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu các mặt hàng nông sản, hàng bách hóa tiêu dùng… dẫn đến các rủi ro cao như:

 Cơ quan hải quan không kiểm tra, giám sát để phát hiện được các lô hàng nhập lậu, khai sai số lượng chủng loại… đối với các lô hàng nhập khẩu. Còn đối với các lô hàng xuất khẩu, cơ quan hải quan không được giám sát, kiểm tra việc bốc xếp hàng hóa nên dẫn đến rủi ro không quản lý được hàng hóa có đúng theo khai báo trên tờ khai hay không. Đặc biệt đối với hàng nông sản xuất khẩu là mặt hàng được ưu tiên cả trong phân luồng tờ khai, doanh nghiệp dễ dàng lợi dụng để khai khống số lượng, trọng lượng, chủng loại… để hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trong những năm trước đây, tại các cửa khẩu đường bộ trên toàn quốc đã xảy ra nhiều vụ việc Doanh nghiệp lợi dụng khai khống để hoàn thuế GTGT hàng nghìn tỷ đồng. Riêng cửa khẩu Khánh Bình cũng đã xảy ra vụ việc tương tự, nhiều Doanh nghiệp xuất khẩu qua cửa khẩu Khánh Bình và nhiều cán bộ hải quan cửa khẩu Khánh Bình đã bị truy cứu trách nhiệm hình sự.